其法律效力不一样，制定的机构等级不一样，适用范围不一样，具体见下：
会计制度是对商业交易和财务往来在账簿中进行分类、登录、归总，并进行分析、核实和上报结果的制度，是进行会计工作所应遵循的规则、方法、程序的总称。国家统一的会计制度是指国务院财政部门(即财政部)根据会计法制定的关于会计核算、会计监督、会计机构和会计人员以及会计工作管理的制度。根据《会计法》的规定，国家统一的会计制度，由国务院所属财政部制定;各省、自治区、直辖市以及国务院业务主管部门，在与会计法和国家统一会计制度不相抵触的前提下，可以制定本地区本部门的会计制度或者补充规定。
会计规章包括：会计师事务所审批和监督暂行办法、注册会计师注册办法、会计从业资格管理办法、代理记账管理办法。
财政部门实施会计监督办法、企业会计准则-基本准则、会计行政法规是指国务院制定并发布，或者国务院有关部门拟定并经过国务院批准发布，调整经济生活中某些方面会计关系的法律规范。
国务院制定的行政法规，其权威性和法律效力仅次于由全国人民代表大会及其常务委员会制定的法律，是一种重要的法律形式。
会计行政法规制定的依据是《会计法》，会计行政法规的效力仅次于会计基本法。
如1990年12月31日国务院发布的《总会计师条例》、2000年6月21日国务院颁布并与2001年1月1日施行的《企业财务会计报告条例》会计行政法规通常以条例,办法,规定等具体名称出现。
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